15 мая 1994 года 15 компаний - ведущих участников рынка ценных бумаг учредили в Москве Профессиональную ассоциацию участников фондового рынка (ПАУФОР), в рамках которой обязались придерживаться взаимных договоренностей, правил информационной открытости и единого документооборота.

В сентябре 1994 года был принят первый вариант правил ПАУФОР и начато создание системы внебиржевой торговли между ее членами. В конце 1994 года такая система была запущена, но в связи с требованияем закона о рынке ценных бумаг, не позволяющим совмещать саморегулирование и торговые операции, летом 1995 года торги ценными бумагами были переведены в созданную Российскую торговую систему (РТС).

30 ноября 1995 года состоялся учредительный съезд ассоциации, на котором компаниями - профессиональными участниками рынка ценных бумаг из различных регионов России, в том числе, членами ПАУФОР, было объявлено о создании общероссийской саморегулируемой организации. Официальная регистрация Национальной ассоциации участников фондового рынка (НАУФОР)состоялась 21 июня 1996 года.

29 августа 1997 года НАУФОР получила разрешение ФКЦБ на осуществление деятельности в качестве саморегулируемой организации профессиональных участников рынка ценных бумаг (брокеров, дилеров, доверительных управляющих, депозитариев, клиринговых организаций и организаторов торгов). В 2003 году ФКЦБ дважды отказала НАУФОР в выдаче разрешения на деятельность в качестве СРО профучастников, в 2004 году такое разрешение было получено, уже от ФСФР России.

В 2013 года НАУФОР получила разрешение ФСФР России на работу в качестве СРО управляющих компаний.

В 2017 году НАУФОР начала объединение с СРО управляющих компаний - Национальной лигой управляющих, в марте 2018 года процедура присоединения завершена.

В 2023 году членами НАУФОР стали также компании, ранее входившие в СРО НФА, в связи с отказом последней от статуса СРО на финансовом рынке.

Руководители НАУФОР:

1996-1997 - Лазарко Иван Дмитриевич, президент
1997-1998 - Пономарев Дмитрий Валерьевич, президент
1998-2001 - Тырышкин Иван Александрович, председатель Правления
2001 - Машкова Елена Анатольевна, и.о. председателя Правления
2001-2004 - Саватюгин Алексей Львович, председатель Правления
2004-2005 - Авакян Елена Георгиевна, председатель Правления
2025 - Четвериков Виктор Николаевич, председатель Правления
2005 - н.вр. - Тимофеев Алексей Викторович, председатель Правления, с 2016 - президент НАУФОР.

НАУФОР включена в Единый реестр Банка России как СРО в отношении следующих видов деятельности:

• брокерская,
• дилерская,
• управление ценными бумагами,
• депозитарная,
• деятельность управляющей компании,
• инвестиционное консультирование,
• деятельность специализированных депозитариев,
• деятельность регистраторов.
• деятельность акционерных инвестиционных фондов.